Es imposible determinar el momento en que surgió la primera relación lesbiana. Sin embargo, determinados documentos históricos nos permiten hacernos una idea de la evolución del lesbianismo.

Ya en el primer código conocido de la historia, el Código de Hammurabi (1770 a.C.), aparece la salzikrum, una figura que caracteriza a una mujer-hombre que podía tener una o varias esposas y derechos exclusivos de herencia. La palabra salzikrum significa hija-varón. Las salzikrum probablemente nunca tenían hijos, igual que los eunucos, e incluso por ley si tenían hijos los cedían en adopción y no podían reclamarlos en el futuro.

Aunque la documentación al respecto es escasa, se piensa que en comunidades aisladas de Albania, Yugoslavia e Italia se aceptaban las relaciones lésbicas en épocas pretéritas. Por ejemplo, en las zonas montañosas de Cabiria existía una sociedad aborigen compuesta únicamente por mujeres a las que se llamaba sbraie. En China también se describen relaciones entre mujeres que interaccionaban entre sí como marido y mujer, situación a la que se hacía referencia con el término dui shi.

Según la mayoría de los historiadores, el primer texto poético del que se tiene constancia fue creado por una mujer llamada Enheduanna, hija del rey Sargón I de Acadia. Esta princesa y sacerdotisa, nacida alrededor del año 2300 a.C., componía cantos en honor de Inanna, diosa del amor y la guerra. La historiadora Judy Grahn, investigadora de la cultura homosexual, hace una lectura lésbica de los himnos de la princesa Enheduanna. Y se basa en la sensual exaltación de la belleza que hace en sus cantos acerca de la diosa Inanna, a la que incluso se refería como "esposa".

En el 630-560 a.C. se tiene constancia de la existencia de Safo, una poetisa griega que vivía en la isla de Lesbos. Sus poemas y su trascendencia en siglos posteriores hicieron que el término "lesbianismo" fuera aceptado internacionalmente como forma de denotar la homosexualidad femenina.

En la antigua Roma y en Grecia el lesbianismo era aceptado con normalidad. En Roma, por ejemplo, existían baños públicos para mujeres que, a pesar de estar casadas, deseaban mantener contactos sexuales con otras mujeres. Estos baños contaban con chicas, las esclavas felatoras, que satisfacían sus deseos lésbicos. También existe constancia de bodas entre mujeres. Con la expansión del cristianismo, la aceptación de las relaciones homosexuales fue decreciendo poco a poco hasta llegar a convertirse en motivo de persecución. Sin embargo, hay que hacer constar que el motivo de la condena cristiana se centraba más en el adulterio que en identificar si se cometía entre hombres o entre mujeres.

En la Edad Media sólo se conocen contados casos de lesbianismo a través de los archivos eclesiásticos donde se recopilan denuncias, condenas y sermones. San Ambrosio, en el siglo IV, calificó el deseo de unas mujeres por otras de acto lujurioso; San Crisóstomo lo calificó de vergonzoso. Siglos más tarde San Anselmo se referiría a la relación sexual entre mujeres como un atentado contra la naturaleza; y en el mismo sentido se pronunciaría Pedro Abelardo. Santo Tomás estableció como uno de los vicios contra natura la cópula entre hembra y hembra. Posteriormente muchos teólogos se basarían en Santo Tomás para condenar el lesbianismo como un pecado de lujuria.

En diez siglos sólo existen una docena de alusiones al lesbianismo, siempre ligadas a la condena eclesiástica, la herejía o la brujería. Las monjas, por ejemplo, eran instruidas para evitar la atracción carnal entre ellas, y más adelante, en los Concilios de París (1212) y Ruan (1214) se les prohibió dormir juntas y se las obligó a mantener sus cuartos iluminados durante la noche. Otras medidas para evitar estas relaciones consistían en impedir que las monjas se visitaran o prohibirles que cerraran las puertas para poder ser controladas por la abadesa en todo momento.

En los siglos XVI, XVII y XVIII se trata el tema de las relaciones sexuales entre monjas (como por ejemplo la de Sor Benedetta Carlini) en varias novelas y poemas. A finales del siglo XVI, el escritor francés Pierre de Bourdeille (señor de Brântome), admitía que las relaciones sexuales entre mujeres se habían convertido en una moda trasladada de Italia a Francia por una dama noble que probablemente era la reina de Francia, Catalina de Medici. Esta reina habría sido el ejemplo de un grupo de mujeres conocidas como "Batallón volante" que, según Pierre de Bourdeille, preferían hacer el amor entre ellas a quedar embarazadas y perder su honor. Es este escritor francés, el señor de Brântome, quien utiliza por primera vez la palabra "lesbiana", en alusión al lugar donde vivió Safo (la isla de Lesbos), en una obra que tituló precisamente "Las lesbianas" donde recopilaba poemas amorosos entre mujeres (incluidos los de Safo). Otros términos que se utilizaron para referirse a las lesbianas tuvieron su origen en las prácticas sexuales que se suponía llevaban a cabo, como por ejemplo fricatrices o tribadistas (mujeres que se frotan una contra otra).

Otras mujeres de la época conocidas por sus tendencias lésbicas fueron Juana de Arco, Catalina de Erauso (la "monja alférez") y la reina Cristina de Suecia. El tratamiento que se daba en esta época al lesbianismo era, dentro de la condena, más liviano que para la homosexualidad masculina. Se consideraba que la simiente masculina era más importante que la femenina, y por tanto su derroche inútil constituía una mayor ofensa a Dios. Las relaciones lésbicas se castigaban con penas menores, equiparables a las de la masturbación. Sin embargo este tratamiento no era unánime puesto que en algunos lugares el lesbianismo se castigaba incluso con la pena de muerte. Aunque, en líneas generales, el lesbianismo se consideraba un problema mucho menos grave que las relaciones entre hombres, lo que daría lugar a una menor persecución pero también a una mayor ignorancia de la existencia y la identidad de las mujeres lesbianas.

Mentras tanto, en América Latina se tiene constancia de la existencia de mujeres lesbianas en comunidades aborígenes a finales del siglo XVI. Por ejemplo las mujeres conocidas como cacoaimbeguira pertenecientes a la tribu de los Tupinamba, que ejercían oficios de hombre, iban a la guerra y se relacionaban con otras mujeres que adoptaban el rol de esposa.
A finales del siglo XIX surgió una nueva disciplina, dentro de la Psicología, conocida como sexología, con la que se pretendía estudiar científicamente las relaciones sexuales. El lesbianismo se clasificó entonces como una perversión patológica, junto con otras como el sadomasoquismo, el fetichismo, el exhibicionismo, la zoofilia o la pedofilia. Asimismo se describió a la lesbiana como una mujer masculinizada, dando lugar a un estereotipo que, si bien coincidía con algunas lesbianas, dejaba al margen a otras muchas mujeres que no se vestían de hombre o no presentaban comportamientos masculinos. La sexología consideraba a las lesbianas enfermas mentales porque las contemplaba desde el rol social estereotipado de la época, es decir, se apartaban de la normalidad que se atribuía al papel de la mujer como esposa, madre y cuidadora de la progenie. El aspecto emocional se obviaba por completo. Con estos conceptos erróneos, en los últimos años del siglo XIX y primeros del XX se cometieron abusos tales como considerar el lesbianismo una enfermedad de mujeres prostitutas o internar a las lesbianas en manicomios junto a criminales, aplicándoles métodos como el electroshock, la lobotomía o la extirpación del clítoris. Sin embargo, en Europa y Estados Unidos se venía aceptando la amistad romántica entre mujeres desde mitad del siglo XVIII, quedando constancia de ello en la literatura en obras como "Las bostonianas", de Henry James, en la que se trataba la unión emocional entre mujeres independientes, dando lugar a la extensión del término "matrimonio bostoniano" en la América del siglo XIX. También son conocidos en la sociedad anglosajona del siglo XVIII casos de amistad romántica como el de las "damas de Llangollen" (Eleanor Butler y Sarah Ponsonby), o los de Sarah Scott, Elizabeth Carter, Anna Seward, Honora Sneyd, Mary Wollstonecraft, Fanny Blood, etc. 

Ya en el siglo XX la influencia de los estereotipos creados por los psicólogos hizo que se extendieran entre la población creencias absurdas sobre las lesbianas como la separación en dos roles, el de la mujer masculina (invertidas congénitas), que hacía de marido, y la mujer femenina (pseudolesbianas), que cumplía el rol de esposa. En los años veinte se desarrollaron campañas para prevenir la enfermedad mental lésbica entre las chicas jóvenes, y esa labor provocó que empezara a asociarse el lesbianismo con la marginación, la enfermedad, la perversión y el vicio. Ante este tratamiento muchas mujeres lesbianas se aceptaron a sí mismas como enfermas e intentaron rechazar sus emociones casándose o suicidándose. Sin embargo, a la par que se patologizaba el lesbianismo, desde finales del siglo XIX algunas mujeres empezaron a destacar en sus actividades, estudios y profesiones, asociándose para dar lugar a lo que se conocería como "nueva mujer". Su activa labor sería decisiva para que la sociedad fuera aceptando los derechos de las mujeres, como el derecho al voto o la igualdad de condiciones. Aunque la mayoría de estas mujeres no eran lesbianas, hubo psicólogos que las consideraron como tales por presentar, según ellos, comportamientos masculinos. Entre estas mujeres que cambiaron poco a poco la concepción enfermiza que se tenía del lesbianismo encontramos, por ejemplo, a: Florence Nigtthingale, creadora de una escuela para enfermeras en Londres; Francisca Maria Souvestre, directora de un internado de señoritas parecido al de Safo; Romaine Brooks, pintora y escritora; las escritoras Natalie Barney, Colette, Virginia Woolf, Vita Sackville-West, Radclyffe Hall, Djuna Barnes, Gertrude Stein, Marguerite Yourcenar, Carmen de Burgos "Colombine"; las artistas Alla Nazimova, Greta Garbo, Marlene Dietrich, Isadora Duncan…

A finales del siglo XX y comienzos del XXI los derechos de las mujeres lesbianas han seguido avanzando gracias a iniciativas colectivas e individuales de lesbianas célebres y anónimas, pero aún en muchas partes del mundo, y en ambientes poco culturizados de las sociedades desarrolladas, el lesbianismo sigue siendo motivo de escarnio público e incluso de desigualdad y reprobación por parte de las autoridades.